Organismos como los bretanomices, dekkera, o los lactobacilos producen olores y sabores durante el añejamiento. La contaminación en altos niveles de los barriles causa que el vino sea amargo, ratonil, metálico, o de sabor a abono o plástico. Las prácticas tradicionales incluyen destruir barriles contaminados o darles tratamiento, sin embargo algunos tratamientos pueden eliminar la esencia del roble.
Los barriles pueden ser desinfectados con ozono sin cambiar o corromper la madera.
El tipo, edad, y nivel de contaminación microbiana del barril afectan la concentración del ozono disuelto necesaria en el enjuague y el tiempo de duración de enjuague requerido. El tiempo de enjuague puede variar de 2.5 a 10 minutos. La tecnología del Proceso GDT de Inyectores Mazzei eliminan el problema del off-gas del ozono al desinfectar los barriles.
Estudios hechos en la Universidad Estatal de California, en Fresno, demuestran los beneficios del uso de ozono para desinfección de barriles de roble. Un roble infectado expuesto a una concentración de ozono de 1 mg/L durante 2.5 a 10 minutos resultó en una reducción significativa de la población B. bruxelensis en comparación con agua a 154ºF durante 20 minutos. Otro estudio afirmó que las concentraciones de ozono de 1 mg/L a 10 mg/L usadas en el roble no tuvieron un efecto significativo en los compuestos aromáticos volátiles del roble. La esencia del roble, incluyendo las notas de roble de vainilla, ahumado, y tostado se conservaron.


